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不一定要加蓋，但建議運送車輛要有固定廢棄物容器或包裝之功能，避免掉落導致生物醫療廢棄物逸散。若是加蓋，則有避免影響病患之觀感、降低疑慮之效果。

由於一般垃圾和資源回收物性質屬於一般垃圾，較無人體與環境危害，可合併運送。但仍建議以不同容器分別貯放，兩類容器則可一同運送。

若分類或運送時，生物醫療廢棄物與一般事業廢棄物混合時，應將該混合之廢棄物視為生物醫療廢棄物，並以C類方式貯存與清除處理。相關作業人員應於作業後洗手、消毒。

廢棄物的清運，需於廢棄物清理計畫書中以合併清除處理的方式進行。