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醫療廢棄物處理需要申請處理許可證,主管機關為各地環保局。若為滅菌中間處理後應用其產物,則可向衛福部申請醫療廢棄物特定項目之再利用許可,該申請法令及書件可於全國醫療廢棄物處理網下載(醫療廢棄物再利用管理辦法)。