3.分類、貯存、清除、處理、及再利用規範
院內醫療廢棄物管理流程包括第一線之廢棄物產出及分類（包括護理人員、病患、家屬、清潔人員）、院內運送、貯存、清除、處理，需遵守之基本規範為「事業廢棄物貯存清除處理方法及設施標準」，若未依據該標準進行事業廢棄物管理（包含廢棄物分類、設施管理、清除處理委託等），即會違反廢清法第52、53條之規定，可能受到執行機關（地方環保局）六千至三十萬不等的罰鍰，且可能按日連續罰或停工停業之處分。
目前醫療廢棄物組成中約有7％[*註1]的有害事業廢棄物（由生物醫療廢棄物及其他有害事業廢棄物組成），其中生物醫療廢棄物是各醫療機構必然產生之有害事業廢棄物類別，因此需依「有害事業廢棄物認定標準」及「事業廢棄物貯存清除處理方法及設施標準」對所有院內產生之有害事業廢棄物進行性質分類與管理，各貯存場所及設施應有明顯之白底、紅字、黑框之標示，及區別各項有害事業廢棄物之標誌（請依據「區別有害事業廢棄物特性標誌」之標誌圖樣進行標示）。
另外，若院內有進行滅菌之中間處理，則需依「有害事業廢棄物檢測及紀錄管理辦法」第3條第1項第3款之規定以指標微生物測試削減率，其中採高溫高壓蒸氣滅菌法中間處理者，以嗜熱桿菌芽孢測試，採行其他滅菌法者，以枯草桿菌芽孢測試。
對於再利用而言，醫療機構進行一般事業廢棄物之再利用，需依據衛生署訂定之「醫療事業廢棄物再利用管理辦法」及「醫療事業廢棄物再利用種類及其管理方式」進行分類及委託再利用作業，並應送至具再利用許可且有衛生署檢核之再利用機構進行再利用。此時，各醫療機構應與取得許可之再利用機構簽約，並建議於廢棄物清理計畫書與廢棄物管制中心網路申報此再利用方式與數量。
目前衛生署公告再利用項目包括：廢紙、廢玻璃（瓶、屑）、廢金屬（容器）、廢塑膠、廚餘、廢石膏模、廢尖銳器具、廢攝影膠片（卷）、廢顯定/影液等。
醫療機構有義務掌握前述清除、處理、再利用等過程之妥善程度，除依規定上網申報聯單外，建議可以不定期方式針對清除業者進行清除跟車，以加強院內廢棄物之流向掌握程度，並應於院內廢棄物處理完畢後取得妥善處理文件（或於三聯單中取得處理機構之收受章），此文件格式可參考環保署公告之「事業廢棄物妥善處理紀錄文件格式」。各項聯單資料與妥善處理文件皆應保存3年以上。
對於院內醫療廢棄物清除、處理之委託，應依據廢清法之規定，自行清除，或由取得清除、處理許可之公民營清除處理機構、醫療廢棄物共同清除處理機構、或同意處理 貴院廢棄物之執行機關（地方環保局）進行清除、處理。各項清除、處理合約建議保存3年以上，且清除處理合約簽訂前，建議取得該清除處理機構之許可處理項目一覽表，並確認該機構是否可以清除處理院內委託之事業廢棄物項目。
在管理上，各醫療機構亦可應用「自動辨識及資料擷取系統」（簡稱AIDC）對院內所產生之醫療廢棄物進行自動化管理。根據「事業廢棄物貯存清除處理方法及設施標準」之定義，AIDC係指「藉由不同輸入介面之讀取裝置自動辨識物件，並將擷取資料儲存至電腦系統，達到廢棄物識別之系統。」使用AIDC系統時，需對院內各單位之廢棄物產生狀況進行了解與定義，以利設置管理資料庫與相關軟硬體設施。有關AIDC之說明可見衛生署於97年舉辦之「自動辨識及資料擷取系統(AIDC)應用於全國醫療廢棄物之整合計畫推廣說明會」資料(pdf檔，約10.4MB)，或未來舉辦之相關說明會資料。
>> 法規
= = >附表三、生物醫療廢棄物
3.10事業廢棄物妥善處理紀錄文件格式(95.11.03)